John Sheppard
John Sheppard (hraje Joe Flanigan)

John Sheppard je vynikajícím armádním pilotem, umí létat, jak říká, téměř se vším. Díky jeho výjimečnému letu nebyl gen. O'Neill sestřelen náhodně odpálenou antickou střelou. Jednou v Afghánistánu neuposlechl přímý rozkaz, když se snažil zachránit životy tří vojáků. John miluje sjezd, fotbal a vše, co se odehrává v rychlosti nad 200 km/h ;o).
K programu Atlantis dostal neuvěřitelnou náhodou. Sheppard totiž vlastní neobyčejně silný antický gen, díky kterému je schopný ovládat všechny antické technologie. Tento gen objevil, když se "posadil" do antického ovládacího křesla a to se aktivovalo. John ovládá antickou technologii zcela přirozeně - bez nutnosti velkého soustředění. Dr. Weirová si ho proto vybrala do své expedice.
Při jedné ze svých misí byl napaden tvorem - zvaným Eratruský brouk. Ten se mu přisál na krk a začal z něj pomalu vysávat život. Při nakažení základny smrtícím nanovirem se vydal odpálit naquadahový generátor, který vytvořil dostatečnou elektromagnetickou vlnu potřebnou pro zničení nanoviru. Rozhodnul se také obětovat svůj život a vletět puddle jumprem s atomovou bombou do mateřské lodě a zničit ji. Naštěstí jej zachytila loď Deadalus a pomocí transportního zařízení ho zachránila. Po nalezení antické lodi jménem Aurora se dobrovolně připojil k ostatním lidem ve stázi a pokusil se získat informace o slabině Wraithů. John byl také na 8 měsíců uvězněn v antickém zařízení, kde plynul čas několikanásobně rychleji. Dokonce byl nakažen retrovirem, který začal pomalu měnit jeho DNA, ale tento proces se nakonec podařilo zvrátit.
Mjr./pplk. John Sheppard někdy nedůvěřuje velení dr. Weirové a jedná na vlastní pěst. Dokonce si pojmenoval antickou loď z GateShip (McKayův název) na puddle jumper. Je neobyčejně chytrý a vynikající pilot. Mnohokrát nasadil svůj život, aby zachránil nejen členy svého teamu, ale i životy ostatních.